W 1865 roku, podczas wojny secesyjnej, pięciu Amerykanom z Północy, uwięzionym w mieście Richmond, udaje się umknąć Południowcom, „pożyczając” od nich rozpoznawczy balon. Pochwyceni przez huragan o ekstremalnej gwałtowności, w ciągu czterech dni pokonują więcej niż sześć tysięcy mil, i w końcu lądują na nieznanej wyspie Oceanu Spokojnego. W całej tej podniebnej odysei stracili wszystko i teraz będą zmuszeni do ponownego tworzenia wszelkich rzeczy własnymi rękoma, zaczynając od ognia. Inżynier Cyrus Smith, wspomagany przez Gedeona Spiletta, dziennikarza, wytwarza pierwsze narzędzia i pierwszą broń. Jego rozległa wiedza pozwala mu wyzyskiwać wszystkie zasoby wyspy, a jego manualna zręczność pozwoli na wykonanie wyrobów metalurgicznych, chemicznych i rolniczych, bez wątpienia prymitywnych, ale niezmiernie cennych. Marynarz Pencroff i służący Nab stają się farmerami, podczas gdy młody Harbert z sukcesami poluje i zbiera różne rośliny. Rozległa granitowa pieczara, którą uczynili zdatną do zamieszkania, ofiaruje im pewne schronienie, w którym będą stawiać czoło swej pierwszej zimie. Wkrótce koloniści wyspy, którą nazwali Wyspą Lincolna, mogą żyć w dostatku dzięki ich dobrze napełnionym spichlerzom i hodowaniu zwierząt. Odkrycie na przylądku skrzyni wypełnionej bronią, narzędziach i przeróżnymi instrumentami naukowymi znacznie wspomaga ich w codziennej pracy. Kto jednak zrobił im taki podarunek? Rzeczywiście, wydaje się, że jakaś życzliwa istota każdorazowo się objawia, kiedy oni znajdują się w kłopotach. Pencroff buduje niewielką łódź, która pozwala im udać się na położoną całkiem blisko wyspę Tabor. Osadnicy znajdują na niej Toma Ayrtona – byłego marynarza o zbrodniczej przeszłości – porzuconego tam od wielu lat, żyjącego bardzo nędznie, prawie przywróconego do stanu dzikości; inżynier Smith cierpliwością i dobrocią stara się przywrócić go cywilizowanemu światu. Ich bezpieczeństwo staje się poważnie zagrożone, gdy w zatoce rzuca kotwice piracki okręt. Tworząc niewielką, słabą gromadkę, sześciu mężczyzn czuje się osaczonymi w swej pieczarze. Jednak tajemniczy przyjaciel czuwa: podkłada pod okręt torpedę, a później całkowicie niszczy wszystkich pozostałych przy życiu piratów. Także on ratuje rannego, ogarniętego gorączką Harberta, dostarczając chininę niezbędną do jego wyzdrowienia. Ale kim on jest? Upływają miesiące. Pewnego dnia wulkan, który góruje nad wyspą, wybucha i fale lawy dewastują okoliczne równiny. Lakoniczna wiadomość zaprasza wtedy kolonistów, by udali się do morskiej groty. Tam, błyszczący całą swoją energią elektryczną unosi się na wodzie „Nautilus” kapitana Nemo, definitywnie zablokowany przez podwyższenie ściany skalnej. Nemo jest umierający, ale przed swoim odejściem z tego świata chce odkryć się przed Smithem i jego towarzyszami. Były buntownik krótko streszcza im swoje dzieje i ujawnia w jaki sposób wspomagał ich w różnych okolicznościach. zanim wyda ostatnie tchnienie, ofiarowuje im szkatułkę wypełnioną drogimi kamieniami. Zgodnie z jego wolą „Nautilus” staje się jego grobowcem, który ma zniknąć pod wodami groty. Morze, wdarłszy się w komina wulkanu, wywołuje eksplozję o niesłychanej gwałtowności, a z tajemniczej wyspy pozostaje tylko fragment granitowej skały, której czepiają się mieszkańcy wyspy, znowu tak samo ogołoceni ze wszystkiego, jak w czasie gdy się na niej pojawili. Wszystko wydaje się dla nich stracone, gdy w samą porę pojawia się jacht „Duncan”, dowodzony przez Roberta Granta i bierze na pokład ocalałych ludzi.